Allerlei milieufactoren waren van grote invloed op de visstand. Sommige
vissoorten prefereerden zoet water, andere gaven de voorkeur aan water met een
hoger zoutgehalte, maar ook diepte en bodemsoort speelden een rol. Bovendien
vertoonde vis in dik water een ander zwemgedrag dan in helder water. In het
Zuiderzeebekken was een rijke brakwaterflora en -fauna aanwezig, zoals hij
voorbeeld plankton, zonder welke vis niet leven kan.
In de Zuiderzee kwam een opmerkelijke verscheidenheid aan vissoorten voor.
Ongeveer 24 verschillende soorten vis en enige schelp- en schaaldieren werden
regelmatig aangetroffen. De voor de visserij belangrijkste soorten waren:
haring, ansjovis, bot, aal (paling), spiering, garnaal en - voornamelijk in het
noordelijk gedeelte bij Wieringen - mossel en alikruik.
Deze Zuiderzeevis kan worden onderscheiden in:
1. Constant aanwezige soorten, die in de Zuiderzee werden geboren, er opgroeiden en er zich voortplantten. Hiertoe rekent men spiering, mossel en alikruik. Spiering kwam in vrijwel de hele Zuiderzee voor, maar plantte zich voort in de minst zoute gedeelten en trok in het voorjaar zelfs de IJssel op om te paaien. Op spiering werd voornamelijk in de wintermaanden gevist, omdat deze ‘s zomers niet voor consumptie geschikt was als gevolg van een wormziekte. Spiering werd vooral geëxporteerd naar Londen, Brussel en Parijs. Mossel werden slechts in geringe mate door Zuiderzeevissers gevangen. Vooral Zeeuwse vissers kwamen bij Wieringen het broed opvissen om op de mosselbank in Zeeland uit te zetten. Ook alikruiken, een soort slakken, werden voornamelijk hij Wieringen gevangen. Deze waren bestemd voor export naar Engeland en Frankrijk.
2. Soorten, die als volwassen vis de Zuiderzee binnentrokken, er paaiden en daarna weer wegtrokken, zoals de voor de Zuiderzee belangrijkste vissoorten: haring en ansjovis. De haring trok in februari de Zuiderzee binnen om in maart en april kuit te schieten in ondiepe gedeelten met een harde bodem. De volwassen haringen verlieten na afloop van de paaitijd de Zuiderzee; de larven en jonge haringen bleven er achter tot ze de grootte van een halfwas hadden gekregen om dan naar de Noordzee uit te zwemmen. Vóór circa 1850 trok er nog veel najaarsharing binnen, maar later werd dit een steeds zeldzamer verschijnsel. De Zuiderzeeharing was een andere, kleinere soort dan de Noordzeeharing en door het ontbreken van verteringsenzymen ook niet geschikt om te kaken of pekelen, zodat hij beperkt houdbaar was. Deze haring werd vers (als panharing) of gerookt (bokking) verhandeld. De ansjovis kwam in zeer wisselende aantallen voor. In sommige jaren kwam het visje in groten getale in april - mei binnentrekken, andere jaren bleef het soms geheel weg. De Zuiderzee vormde voor de ansjovis de noordgrens van zijn verspreidingsgebied en onder ongunstige omstandigheden, zoals een koud voorjaar, vertoonde hij zich niet. Voor de vissers was een goed ansjovisjaar van grote betekenis. Zij konden met de goede verdiensten hun oude schulden aflossen of noodzakelijke reparaties en vervangingen uitvoeren. Ansjovis werd ingezouten en vervolgens in Amsterdamse vemen enige jaren opgeslagen, om daarna als delicatesse vooral na Duitsland te worden uitgevoerd.
3. Soorten die als jonge vis de Zuiderzee binnentrokken, er opgroeiden en weer wegtrokken als ze geslachtsrijp waren. Dit waren bot, aal en garnaal. Bot kwam verspreid over de hele Zuiderzee voor en paste zich aan het zoutgehalte van het water aan. Vooral op een vette, dikke bodem tierde hij welig en was hij van betere kwaliteit dan de bot die op harde grond werd gevangen. Botvisserij vond bijna het gehele jaar door plaats en was daarom een van de belangrijkste pijlers waarop de Zuiderzeevisserij steunde. De vis was bestemd voor de binnenlandse markt en diende levend aangevoerd te worden; dode bot was waardeloos. Aal of paling werd ook in de gehele Zuiderzee aangetroffen. Hij kon zich uitstekend aanpassen aan verschillende zoutgehalten. Op aal werd gevist tussen april en oktober, vooral vlak onder de kust. In warme zomers kon de aal getroffen worden door een ziekte en waarbij hij vuurrood werd en spoedig stierf. Tegen de herfst trokken de volwassen palingen naar buiten om zich voort te planten. Een aanzienlijk gedeelte van de vangst was bestemd voor de export, voornamelijk naar Engeland. Garnaal kwam 's zomers overal in de Zuiderzee voor. Er werd tot oktober - november op gevist. De vangst was enerzijds bestemd voor consumptie, de Zuiderzeegarnaal was veel fijner en zoete van smaak dan de iets grotere Noordzeegarnaal, anderzijds werd zij gebruikt als aas voor kubben of hoekwant. Een belangrijke afzetmarkt voor garnalen was Amsterdam, vooral voor de Volendammer vissers. Zij voerden de garnalen vers aan; de consument kookte en pelde ze zelf. Later ontstonden in diverse vissersplaatsen garnalenpellerijen.