Vanaf ca. 1540 won de gereformeerde (= na 1816 Nederlandse Hervormde) religie aanhang in Zwolle. In 1566 werden diverse hagepreken, ondermeer door Jan Arends, buiten Zwolle gehouden. De behoefte aan een eigen kerkgebouw deed hen in 1567 de Onze Lieve Vrouwekerk in bezit nemen. Dit had niet de goedkeuring van Jean de Ligne, graaf van Aremberg en stadhouder van Overijssel. Het resultaat van de onderhandelingen was dat de kerk weer in rooms-katholieke handen kwam en de gereformeerden vrijgesteld werden van strafvervolging.
Van 10 tot 21 augustus 1566 woedde de Beeldenstorm. In dat jaar werden in
Vlaanderen ruim 400 kerken en kloosters door het teleurgestelde volk
uitgeplunderd en vernield. De Noordelijke Nederlanden volgden. Ook in later
jaren werden katholieke kerken het doelwit van felle protestan ten. De grote
beeldenstorm van 1566 is aan Overijssel, enkele incidenten daargelaten, nagenoeg
voorbijgegaan.
Overijssel had nauwelijks deel aan de woelingen die op 10 augustus 1566 in de
Beeldenstorm ontaardden. Er was onder de hongerende bevolking wel oproer
geweest, zoals in Zwolle tijdens Pinksteren. Daar werden toen geen kerken, doch
bakkerijen bestormd. Bij de vierhonderd edelen die in april van dat jaar
Margaretha het Smeekschrift hadden aangeboden, was niet de adel uit dit gewest
vertegenwoordigd. Opvallend was hoe stadhouder Aremberg de adel hier van
protesten wist af te houden.
Bij de eerste geruchten over uitbarstingen in het Zuiden hadden de drie
Overijsselse steden (Zwolle, Deventer, Kampen) in een brief aan landvoogdes
Margaretha van Parma gevraagd om de volgelingen der nieuwe leer een kerk ter
beschikking te mogen stellen. Het antwoord liet lang op zich wachten. Om oproer
te voorkomen gaf Zwolle in september de luthersen de Onze Lieve Vrouwenkerk in
handen. De enige voorwaarde van het stadsbestuur was dat de katholieken hun kerk
ook mochten blijven gebruiken. Toen de magistraat haar belofte niet snel genoeg
nakwam, kraakten de protestanten de kerk en eisten ook de Michaelskerk op. Daar
het gevaar van een omwenteling nu aanwezig was, kwam stadhouder Aremberg zelf
naar Zwolle om de gemoederen te sussen.